우선 MathMagic 익스텐션 버전은 쿼크의 컬러 서브 메뉴 명령을 사용하여 텍스트의 경우와 같이 수식 박스에 일부 컬러를 적용할 수 있습니다. 이렇게 적용된 컬러는 PDF 혹은 컬러 인쇄를 할 때 사용될 수 있습니다. 그러나 수식 부분 부분에 별도로 컬러를 적용하려면 MathMagic 익스텐션 버전 대신 MathMagic 전문가용 버전이나 개인용 버전을 사용해야 합니다.
현재 윈도우, 맥용 MathMagic 개인용 및 MathMagic 전문가용에서 보다 전문적이고 체계적인 컬러 기능을 지원합니다. 단, 컬러 EPS 내보내기 기능은 전문가용 버전만 가능합니다.
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